2002年底，学校决定建设第五公共服务平台，即科学计算平台（超级计算平台）。2003年10月初步建成中国科大-中国惠普高性能运算联合实验室，后经几年的不断发展扩建，逐步建设成为现在的中国科学技术大学超级计算中心（简称超算中心）。
超算中心是学校六大公共实验分中心之一，挂靠中国科学技术大学网络信息中心，中心主任由网络信息中心主任薛开平兼任，副主任由网络信息中心副主任李会民兼任，沈瑜任主任助理。中心设有专家组，主要负责对超算中心的建设、运行、管理和发展等提出指导和咨询意见，对超算中心的重大问题，包括软硬件建设和运行资金的筹措与资源的使用等做出决策和决定。专家组组长为吴恒安，专家组成员：江俊、孙广中、孙德军、李会民、李厚强、李震宇、张焕杰、赵纯、胡伟、郭国平、彭海平、瞿昆。
本着推动科学计算、促进人才培养的建设方针，中心面向校内所有有高性能计算需求的科研院系、实验室、教师、学生提供高性能计算服务，建有“研究生超级计算实验训练中心”培训超级计算相关人才，并建有苏州分中心提供基于寒武纪智能芯片的超级计算资源等。
2013年9月，新建成的位于校东区新图书馆一楼的超级计算中心机房（机房简介、服务器托管），可为校内提供更多优质高效的计算资源与服务。
中心积极争取资源与合作，目前：
- 中国国家网格(CNGrid)合肥中心（2005年）和中国国家网格(CNGrid)合肥运行中心（2016年）
- 中国科学院超级计算环境GPU分中心（2010年）和合肥中心（中科大）（2014年）
- 国家超级计算天津中心中科大分中心（2012年）
- 中国教育与科研网格项目(ChinaGrid)中科大子节点（2013年）
- 超级计算创新联盟理事单位（2014年）
- 安徽省高校科研协作高性能计算公共平台（2014年）：由我校超算中心建设，对安徽省教育和科研计算机网高校用户提供高性能计算服务
- 与合肥微尺度物质科学国家研究中心材料基因团队共建高通量量子材料基因库计算平台（2016年）
中心超算系统以“瀚海+年份”的规则命名，名称含义：
- “承瀚海之辽阔，比星云之光华”，“瀚海”极具中国科大特色，在国内高校与科研单位具有很高的辨识度；
- “瀚海”也代表了超算系统计算能力强大，有力支持了教学及科研工作去探索科学奥秘，勇攀科研高峰。
